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Diplomado en Bioinformática y Biología Computacional

El desarrollo y puesta en marcha de las tecnologías de última generación para el estudio de ADN, proteínas y metabolitos han generado un inmenso volumen de datos y la capacidad de análisis de estos constituye actualmente la mayor brecha para la generación de nuevo conocimiento biológico. Debido al gran tamaño de la información almacenada en las principales bases de datos biológicas, el análisis de esta ha cobrado dimensiones inesperadas.

 

La Biología Computacional y Bioinformática son campos multidisciplinarios que han surgido como respuesta y solución a dichos problemas de masiva generación de información biológica. Así, nuevos enfoques computacionales y teóricos para la comprensión y estudio de los sistemas biológicos son una prioridad para ayudar a cerrar esta brecha. Estas actividades incluyen el modelamiento computacional de procesos biológicos, la gestión computacional de proyectos a gran escala, desarrollo de bases de datos inteligentes y el manejo eficiente de los datos, desarrollo de nuevos algoritmos y la computación de alto rendimiento, así como los análisis estadísticos y matemáticos.

 

Específicamente, la bioinformática es la aplicación de las ciencias de la computación y la tecnología de computadores a la gestión y análisis de datos biológicos. Los términos bioinformática, biología computacional y, en ocasiones, biocomputación (utilizados en muchas situaciones como sinónimos) hacen referencia a campos de estudios interdisciplinares muy vinculados que requieren el uso de diferentes técnicas estudiadas en la Ingeniería Informática. Entre estas pueden destacarse las siguientes: matemática aplicada, estadística, ciencias de la computación, inteligencia artificial, química y bioquímica con las que el Ingeniero Informático soluciona problemas al analizar datos, o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de índole biológica, y usualmente (pero no de forma exclusiva) en el nivel molecular. El núcleo principal de estas técnicas se encuentra en la utilización de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano.

 

Una constante en proyectos de bioinformática y biología computacional es el uso de herramientas computacionales para extraer información útil de datos producidos por técnicas biológicas de alta productividad, como la secuenciación del genoma. En particular, el montaje o ensamblado de secuencias genómicas de alta calidad desde fragmentos obtenidos tras la secuenciación del ADN a gran escala es un área de alto interés. Otros objetivos incluyen el estudio de la regulación genética para interpretar perfiles de expresión génica.

  • Brindar conocimientos y habilidades especificas relacionadas con el área de la bioinformática y biología computacional.
  • Realizar estudios en el campo de la bioinformática con un alto grado de creatividad, independencia y organización, en las que aplique conocimientos teóricos actualizados y métodos modernos de investigación.
  • Seleccionar los métodos adecuados para la solución de problemas relacionados con la Bioinformática.
  • Poder exponer y analizar sus resultados ante un colectivo especializado y defender, argumentando científicamente, sus puntos de vista y conclusiones.

Las clases se desarrollarán de manera remota mediante aprendizaje sincrónico implementando la plataforma Teams. A su vez, se propondrán lecturas, talleres, formulación y desarrollo de proyecto de aula, mediante aprendizaje asincrónico. La temática se ilustrará a través de aplicaciones reales por medio de las cuales los estudiantes puedan aprovechar a profundidad el conocimiento adquirido en clase. La evaluación se llevará a cabo, a través, de talleres, seminarios de profundización y desarrollo de proyecto de aula.

Módulo 1 Módulo 2
Introducción y Fundamentos de la Bioinformática.

 

Introducción a la Bio-Informática

Orígenes y aplicación de la biología computacional y bioinformática. Fundamentos de bioinformática, evolución molecular y filogenética. Bases de datos Bioinformáticas.

 

Fundamentos de programación en Phyton y R 

Introducción a Python y R: sintaxis básica y estructuras de datos. Paquetes y librerías. Visualización de datos: gráficos y diagramas

Seminario practico (tópicos seleccionados):

-Ensamble y anotación de Genomas

-Identificación de microsatélites en genomas

Genómica comparativa y funcional

 

Principios de Biología evolutiva 

Introducción a la biología computacional. Aspectos históricos y filosóficos de la biología evolutiva.  Conceptos básicos de filogenética y evolución molecular. Métodos de reconstrucción filogenética basados en distancias e inferencia Bayesiana de filogenias moleculares y uso de MrBayes. Análisis descriptivo de secuencias de ADN.

 

Genómica comparativa y funcional

Introducción a la Genómica Comparada y Genómica Funcional. Homología, paralogía y ortología. reconstrucciones Filogenómicas. Identificación de relaciones sinténicas. Análisis de enriquecimiento de ontologías genéticas (GO).

 

Seminario práctico (tópicos seleccionados):

-SynMap2-CoGe

-MCscan-Phyton análisis de macro y micro sintenia

-OmixBox y GoAtools-enriquecimiento de ontologías genéticas (GO)

Módulo 3
Química Computacional, modelado de proteínas y diseño de fármacos

 

Reconocimiento molecular y Docking 

Docking molecular. Programas y clasificación. Funciones de scoring y meta-heurísticas más usadas en la exploración del espacio de búsqueda. Métodos de novo y diseño de fármacos/materiales. Redes de interacción fármaco-proteína-genes.

 

Seminario practico (tópicos seleccionados):

-Aplicaciones de acoplamiento molecular para la identificación de nuevos fármacos.

-Uso de AutoDock Vina

Edisson Chavarro Mesa PhD.

Biólogo, Docente tiempo completo, director de la maestría en bioinformática, Facultad de Ciencias Básicas Universidad Tecnológica de Bolívar UTB. PhD en Genética y Mejoramiento de Plantas. Sus focos de investigación son; origen y emergencia de patógenos, estructura genética de poblaciones y aplicaciones de la bioinformática para análisis de datos biológicos.

 

Julián Martínez Henao PhD.

Biólogo, Doctorado en Ciencias de las Plantas y Bioinformática de la Universidad McGill, Montreal-Canadá, con una Maestría en Microbiología de la Universidad Nacional de Colombia. Posee amplia experiencia en biología molecular, bioinformática y desarrollo de software para investigación. Sus habilidades técnicas incluyen analisis de datos biológicos y secuencias en Python, análisis de datos en R y desarrollo web. Actualmente se desempeña como desarrollador de software para investigación genómica en McGill University, Genome centre  computational biology.

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